支气管镜检查可发生并发症，包括麻醉药物过敏。良好的麻醉是支气管镜检查得以顺利进行的基本条件。可减轻咳嗽，减少喉支气管痉挛的发生。麻醉药过敏临床表现为胸闷气短、呼吸困难、脉速而弱、面色苍白、血压下降，心律失常、眩晕、四肢抽搐、支气管痉挛等。
出血是支气管镜检查最常见的并发症，特别是对那些活检的患者。支气管镜是鼻腔进入可能插管不当损伤鼻道发生鼻出血。细胞刷检和活检，粘膜被刷破或撕裂。支气管内的肿瘤，特别是腺瘤，做活检时可引起瘤体出血。麻醉不佳、咳嗽剧烈或操纵粗暴，支气管镜不能保持在气管中央，造成创伤性出血或诱发原来的基础病出血。另外，支气管镜检查往往会发生氧分压的下降，这与患者在术前应用镇静剂也有关系。低氧血症可促使发生心脑血管并发症，考虑为低氧血症和机械刺激气道诱发心脏骤停。支气管镜检查的患者，有极少一部分可以继发感染。