肛门检查方法有望诊和指诊、肛门镜。检查肛门病的时候，要选择一个合适的体位，根据检查的目的的不同，选用不同体位，常用的可以选用侧卧位，可以左侧卧，也可以右侧卧，比较方便，暴露的也还比较充分，另外要检查脱出性的疾病，只有下蹲的时候才能脱出来，正常情况下脱不出来，看不到，所可以选用蹲位，还有为了暴露的更加充分，还有做膀胱截石位。
还有膝胸卧位等等，这些体位根据不同目的，有不同方法，检查的时候，首先要局部的视诊，也叫望诊，看一看周围的肛门的形态和外观，局部的皮肤的情况，有没有红肿，有没有结节，有没有皮赘，或者有没有漏管，有没有破溃，这些都可以看得到。
最常用的就是采用肛管直肠的指诊，一般叫做指检，指检是非常重要，可以检查到肛门部的括约肌的情况，有没有松弛，有没有狭窄，都可以看得到，另外长没长东西，长这个东西到底是一个良性的一个恶性的，都可以通过指诊有一个初步的判断，就是说长这个东西的部位或直肠里头有没有其的病变，都可以，有没有压痛，有没有漏管，这都可以看得到。
另外一种就是肛门镜的检查，肛门镜检查属于一个窥器的检查，这个就更加直接就可以看到局部的病变，包括肛管和直肠下端的病变都可以看得到，常用的检查方法就这么三种。