输尿管结石的微创手术是泌尿外科的常规手术，绝大部分输尿管结石可以通过输尿管硬镜或软镜手术进行碎石取石术，相对来说手术还是比较安全的。但是有些情况，输尿管结石合并感染、输尿管淤血，输尿管结石体积过大或者硬度过硬的时候，手术还得有一定的手术风险。
输尿管硬镜或者软镜手术中，需要通过生理盐水冲洗来维持手术视野的清晰。那么冲洗液冲洗过多，可能会导致肾盂内的压力增高，会造成肾脏的破裂、出血，导致肾壁膜下的血肿，一旦出现肾壁膜下的血肿，手术之后需要监测血常规的一些变化，还有生命体征，比如说血压、心率等等。如果出血量大的话，可能会引起休克的症状。如果出血量不多，而且手术之后没有血肿继续增大的可能性，那么可以通过保守的治疗即可，壁膜下血肿，体积大的时候会造成肾实质的压迫，导致肾脏的萎缩，可能会导致患侧肾脏的功能降低。术后三个月可能需要行血肿的清除手术，血肿较大者或者生命体征不平稳的，可能需要做肾动脉的栓塞或者是肾脏的切除。
对于输尿管相对狭窄者，输尿管镜刺激导致输尿管痉挛，进入和退出输尿管镜时，可能会造成输尿管的完全剥脱，输尿管的全程离断。此外部分患者可能会出现输尿管的狭窄，对于一些合并内科疾病的患者，围手术期可能出现心脑血管疾病的风险。