慢性结肠炎可能由于细菌感染，自身免疫系统功能失调导致。慢性结肠炎的特点在于疾病持续时间较长，肠道炎症的问题发生很长时间，炎症持续刺激结肠的肠道部分，大肠部分，从而引起肠道黏膜的充血、水肿，导致患者大便出现改变。
部分患者是由于感染所造成，是由于慢性的细菌感染所造成炎症。但是在临床当中，慢性结肠炎的最常见原因，是由于患者自身免疫系统功能的失调，或者是功能的亢进而造成肠道慢性炎症。机体在免疫功能正常的情况下，免疫系统与自身正常组织细胞相安无事，免疫系统不会对这些正常组织产生破坏。
正常人体内有很多代谢的细胞，或者是有些恶变的细胞，如果恶变的细胞没有得到及时的清除，长时间则会造成癌症，而正常的免疫系统能够帮助人体清除这些细胞。但是如果免疫系统功能太强，或者是功能出现失调，则会对肠道产生侵害，造成溃疡性结肠炎或者克罗恩病等慢性结肠炎。