主要病理生理改变在肝脏实质内发生感染，并且这种感染形成好多坏死组织，逐步的液化形成了一个脓腔。
肝脓肿是临床上较常见一类疾病。肝脓肿的发病有危险因素或高危因素。
1、最常见一种是说肝脏内的胆管里有结石，是肝内胆管结石。而这个结石可能引起胆道的感染激发形成一个肝脓肿。
2、患者有糖尿病，在临床中也比较常见是糖尿病患者，因为这种血糖控制不好导致他体内易出现这种感染，而这个肝脓肿是比较好发的一个感染部位。
3、肝脏胆道内寄生虫或肝脏类的寄生虫疾病也可能会诱发肝脓肿，当然主要边远地区易出现。
4、肝脏血供，尤其是胆道的血供受到影响后会出现这种肝内小胆管的一个坏死，继而形成一个肝脓肿。但无论何种原因引起肝脓肿都需积极治疗，主要是包括一个脓肿的穿刺引流以及抗生素使用。