肝内胆管结石如果由于炎症引起，可以使用抗生素和护肝的药物进行治疗，但大多数需要手术治疗。
肝内胆管结石也是比较常见一类肝胆系统疾病。主要是由于胆管内存在有炎症的病变，进一步感染形成结石，所以肝内胆管结石患者，一般都会引起胆管炎症表现，例如发烧、肝功能异常、黄疸等等。对于合并有这种症状的患者，需要使用抗生素和护肝的药物。
对于没有任何症状的肝内胆管结石，通过吃药是无法将解释去除的。所以肝内胆管结石治疗不是以药物为主，而是以手术治疗为主。