反流性食管炎的病因是有综合性因素引起，主要包括抗反流屏障破坏、食管廓清功能障碍、胃排空异常、食道裂孔疝等因素，都可能会引起反流性食管炎。
一、抗反流屏障破坏，最常见是体型过胖引起食管下段括约肌的松弛，就很容易引起胃或十二指肠内容物，逆流进入食管下段。
二、食管廓清功能障碍，一般食管有由上往下，进行推进的动力，但在高龄患者或合并有心脑肺、糖尿病的患者，食管的整体廓清功能障碍，就会引起食管内容物容易粘附在上面，会引起相关的反流。
三、胃十二指肠相关动力学的障碍，胃排空异常，最常见也见于高龄患者或合并心脑肺、糖尿病的患者，会引起排空异常，很容易引起食物在胃内的瘀滞，从而诱发反流。十二指肠的动力障碍，如果合并消化性溃疡，引起疤痕，也很容易会引起十二指肠内容物的排空障碍。
四、食道裂孔疝，最常见是滑动性、食道裂孔疝、妊辰呕吐，在怀孕之后，由于胎儿子宫往上顶，也会经常会引起食管反流。