在临床上，引起便秘的原因包括功能性的和器质性的疾病。如果是器质性的疾病，比如继发于肠道肿瘤或者息肉，或者是痔疮，肛裂，甚至直肠肛管周围间隙感染所引起的肛周脓肿或者肛瘘。或者肛裂，通常经过治疗原发疾病以后，便秘的症状可以获得缓解，甚至消失。在临床上，多数患者，便秘是因为功能性的疾病，也就是与进食食物中的纤维素含量不足，或者饮水次数过少，或者是神经官能症所引起。
在临床上一般不主张过多的使用药物治疗便秘，而主张首先或者说基础疗法是通过饮食调节，也就是避免进食过于油腻辛辣刺激性的食物，多进食新鲜的蔬菜水果，高纤维素的食物，同时同时食物中可以适量的加入一点香油或者说芝麻油润滑肠道。可以适当的辅助与药物治疗，药物治疗主要包括乳果糖以软化大便。或者是酚酞片，以促进肠道蠕动，增加粪便的排出，或者是局部使用开塞露，以促进粪便的排出。