鼻源性的头痛其诊断主要根据患者的临床症状，病史情况以及相关辅助检查进行鉴别诊断。
鼻源性头痛的患者在发生头痛的症状之前，常常会有明确的鼻腔疾病的病史，例如会有鼻窦炎，过敏性鼻炎，鼻甲肥大，鼻中隔偏曲等疾病，这就要考虑是鼻源性头痛的可能性，然后再结合患者的临床症状，鼻源性头痛的患者往往还会伴随有鼻塞，脓涕等伴随症状。
针对这种情况可以建议患者完善鼻窦CT，鼻咽镜等检查，来确定患者的鼻腔内部是否有充血水肿病理表现，结合以上情况，那么可以确诊为病原性头痛。