对于慢性鼻窦炎，持续药物治疗效果不好，可以考虑手术治疗。但是对于鼻窦炎来说，首选进行药物治疗一般都可以获得比较好的疗效，从而不需要手术。而慢性鼻窦炎，通常一开始也可以先用药物治疗，如果药物治疗效果良好，能够逐渐缓解，也就可以避免手术。但如果慢性鼻窦炎经过适当、规范、标准的药物治疗，效果持续仍然不好的话，必要时可以通过正常的手术治疗来进一步的改善治疗效果。
急性鼻窦炎通常治疗可以用鼻腔生理性海水，或者鼻腔生理性海水做鼻腔冲洗，每天冲洗1-2次，每次每个鼻孔可以冲洗200ml以上，然后在冲洗间隔15分钟后，用鼻喷激素喷鼻，比如糠酸莫米松或者氟替卡松。一般连续治疗2-4周，就可以获得比较好的疗效。
而慢性鼻窦炎除了可以使用鼻腔冲洗和鼻喷激素之外，对于细菌性感染导致的细菌性鼻窦炎，要考虑使用抗生素治疗，比如阿莫西林克拉维酸钾。一般急性细菌性鼻窦炎可以治疗10-14天，慢性细菌性鼻窦炎可以至少治疗3周，一般就可以取得比较好的疗效。对于慢性鼻窦炎，还可以适当的考虑口服激素，加上一般就可以获得更好的药物，保持治疗效果。