急性呼吸衰竭是否有后遗症，与呼吸衰竭发生、持续时间长短有关，也与原发性疾病有关。
一般来讲，经过积极有效的治疗措施之后，在短时间内纠正急性呼吸衰竭所导致的缺氧状态，一般就不会出现后遗症，比如支气管哮喘所导致的急性呼吸衰竭，通过吸氧或者呼吸机辅助通气等综合措施治疗之后绝大部分不会留下后遗症。但是，对于某些肺部功能存在着严重障碍而导致的急性呼吸衰竭，即使经过有效的治疗之后，纠正了急性呼吸衰竭的状态，但是仍然可以出现一定的后遗症。比如新生儿肺透明膜病所出现的急性呼吸衰竭，如果持续时间较长，新生儿长期处于缺氧的状态就容易引起缺血缺氧性脑病，对于新生儿的后续记忆力以及智力都有可能有一定的影响。
当然还有一些后遗症是本身疾病所引起的，比如重症病毒性肺炎所引起的急性呼吸衰竭，纠正了呼吸衰竭并治疗之后，肺部还是可以出现一定的纤维性病灶。