怀孕三个月一般是不再建议直接进行人工流产或者单纯进行药物流产的，因为怀孕三个月一般来说就是妊娠的13周左右了，这个时候已经出了早孕期，相对孕周比较大了，这个时候已经不能够直接进行像早孕期那样的人工流产手术，因为这个时候胚胎发育已经相对较大，胎儿实际上也已经成型了，并且已经发育出了早期的胎盘，这个时候如果直接手术的话，会对母体的生殖健康有很大的影响，同时手术的风险也是比较大的。
在这个孕周如果不得不通过手术来进行终止妊娠，就要进行钳刮手术，那这样的钳刮手术其实不仅手术时间长、手术风险大、术后的恢复以及对未来女性的这个生殖道的这个影响都是有更大的潜在危害的，因此现在已经越来越少的这个应用了，更多的是配以这个药物，首先减灭胚胎的活性之后再进行医疗上的处理，但是这个也不等同于这个早孕期的药物流产，不是说这个像早孕期那样简简单单的服药就可以的，同样的原因就是还是因为这个时候孕周也已经比较大了，那一般药物选择是米非司酮加上米索前列醇，但是用到的剂量会稍有不同，同时出血量相对有所增加，这个时候都是需要住院，全程在医生的管理之下再进行这个服药的，同时在服药之后要尽快的进行B超的检查，来复查看宫内的胚胎是不是已经失去了活性，是不是很顺利全部的进行了排胎，如果说存在着这个排胎不全，还要再次进行清宫手术。
因此在怀孕三个月的时候，由于孕周相对增大，这个时候不能够进行这个简单的人流或者药物流产，务必要住院在医生的管理之下，针对您具体的身体情况，再选择终止妊娠的方式。