大多数肺不张患者会推荐做气管镜，可以明确肺不张的原因。
肺不张可能由于多种原因引起，其中在继发性的肺不张，有可能由于本身的原因，比如肿瘤原因或结核原因，引起了压迫气道而引起的气道的远端，因为没有寒气气体的通过出现了一个肺不张，通过气管镜可以去在镜子底下能看到这些由于肿瘤本身的生长，或者是因为肿瘤对气管的压迫，引起的气道的阻塞，而引起的肺不张。
通过这些来帮助做一些相应的诊断，同时可以通过气管镜来取相应的病变部位的一些标本，比如组织病理或痰液的盥洗，或毛刷，去协助做一些相应的诊断。病理标本对肿瘤的患者有可能能取到相应的病理的风险，比如腺癌或者鳞癌等。