脓肿是肛门良性病中的急症，需要及时手术，临床上叫急诊手术、限期手术。在脓肿越早期发作，手术往往能达到创口小、手术快，也就是手术时间短。
表浅的脓肿麻醉完全的情况下，应该很快就能解决，单纯的切开引流，往往几分钟就能完成。但是现在肛周脓肿都做一次性根治术，就是所谓的一次性切开手术，需要处理内口，需要处理开放创口引流通畅，手术10分钟至30分钟不等。较严重脓肿，比如半马蹄形脓肿或全马蹄形脓肿，或者直肠后深间隙，或者两侧坐骨直肠窝的脓肿，手术就比较复杂，同时需要既找到原发的内口，又要处理脓肿区域的切口开放引流以及残余脓肿，以及坏死组织的清除等项工作，手术的时间可能就会相对延长，有的甚至三十几分钟，甚至四五十分钟，比较难治的，比较复杂的超过1个小时。
所以肛周脓肿手术的效果不以时间来定，临床上病人常这么问，跟病人讲，注重的是手术效果，不注重的是手术快慢。这个手术很快完成有可能十几分钟，如果复杂一点了可能做几十分钟，甚至1个小时。以手术质量评定一个手术的效果，不以时间作为一个标准。