内分泌科主要诊治的疾病是内分泌与代谢性疾病，内分泌腺体分泌功能异常造成的一些疾病，这些疾病症状往往不典型、临床表现多样化。常见代表性疾病包括以下几种：
第一，糖代谢异常，糖尿病及其并发症，糖尿病是近些年来内分泌科最常见的疾病，目前发病率越来越高。糖尿病引起的多种并发症，包括糖尿病视网膜病变、糖尿病肾病、糖尿病神经疾病和糖尿病微血管病变等，一开始在内分泌科来发现和诊断的，之后可以去相应的专科进行治疗。
第二，甲状腺相关疾病，如甲状腺结节、甲状腺肿瘤、甲状腺机能亢进症、甲状腺机能减退症、亚急性甲状腺炎、自身免疫性甲状腺炎等。甲状腺功能异常，采取药物保守治疗时，一般去内分泌科进行治疗，需进行手术治疗时，一般转入甲状腺外科或普外科住院治疗。
第三，肾上腺相关疾病，包括皮质醇增多症、原发性和继发性醛固酮增多症等。
第四，下丘脑和垂体相关的疾病，包括垂体瘤、垂体功能减退等。
第五，青少年生长发育期间的一些异常，如过度肥胖、骨代谢异常、生长发育异常等疾病。
第六，性腺异常造成的生殖功能下降，女性的月经失调、男性的性功能下降等，也属于内分泌科的诊疗范围，但是一般会和生殖科或者妇产科进行联合诊疗，给出具体的治疗方案。