原发性痛经与子宫发育异常，子宫过度前倾或者过度的后屈，子宫颈管狭窄，那么月经期对激素水平变化过度敏感有关。
主要引起痛经的原因由于子宫发育异常会引起痛经，这是存在子宫血管发育异常或者供血异常，从而会导致子宫的血液供给不足，从而出现缺氧引起痛经。当子宫位置过度前屈时或者过度后倾，导致月经血排出不畅，在宫腔内积聚容易引起痛经，而宫腔内积血无法顺利的排出，因此宫颈管狭窄也是导致痛经的一个原因。
由于月经期间体内激素水平的变化，特别是雌激素水平下降，会引起前列腺素的释放增加，前列腺素作用于子宫的肌肉，从而引起子宫平滑肌发生痉挛性的收缩会引起痛经。