一部分人接种疫苗后出现了一些毒副作用，但94％被认为是不严重的，包括注射部位疼痛、头痛、发热、皮疹、头晕、晕厥、恶心等；仅有6％被认为是严重不良反应事件，包括格林-巴利综合征，静脉血栓栓塞和死亡，但上述严重不良事件与HPV疫苗无明显因果联系。此外，亦未见HPV疫苗增加相关疾病发生率的循证医学证据。