胎停的原因分为染色体异常、母亲因素、父亲因素和外部环境因素。染色体异常主要包括染色体结构异常和染色体数目异常。母体因素，早孕更常见于胚胎停止发育引起的黄体功能不全。一些孕妇有母体免疫异常，包括自身免疫和全身免疫异常。临床上，抗磷脂抗体阳性的孕妇通常会出现胚胎停滞甚至反复流产。孕妇在怀孕期间暴露于辐射或重金属也可能导致胚胎停止发育。