北京儿童医院中医科自建院初期即成立，迄今已有60余年。在北京市医管局及北京市中医药管理局的相关政策扶持下，在历届院领导的大力支持下，在儿科中医、中西医结合临床医疗与科研等方面获得了丰硕成果。中医科技术力量雄厚，全科共有医技护人员77人，拥有3名德高望重的国家级名老中医、博士生导师、硕士生导师、教授、副教授等知名专家学者，还有从事中西医结合儿科临床教学多年、经验丰富的主任医师、副主任医师及青年骨干。设有两个住院病房，80张床位，中医门诊(包括专家、专业、普通门诊);8个专业门诊(包括脾胃专业、结缔专业、小儿妇科专业、气管炎专业、乳儿肝炎专业、紫癜专业、多动症专业、皮肤专业等)。中医科的小儿脾胃专业同时也是全国小儿脾胃病诊疗中心，早于上世纪80年代即开展小儿胃镜检查，配置有胃镜室、胃肠电图检查室、中医特色治疗室等。
几十年来，中医科在金厚如、娄延承、刘韵远、王鹏飞、王敏智、裴学义、孙燕华、陈昭定、闫慧敏等几代名老中医专家的带领下，共同努力，不断进取，充分发挥中医特色与中西医结合治疗优势，深入研究儿科常见病的中西医结合诊治。针对小儿脾胃病、小儿呼吸道疾病、小儿结缔组织病、过敏性紫癜、乳儿黄疸及小儿妇科疾病等的临床诊治，研发了十余种中药内部制剂，临床疗效显著，久用不衰，深受病人与家长的欢迎。中医科还根据中医内病外治原理，开展了多项如中药泡洗、熏蒸、外敷贴、子午流注、推拿按摩等中医外治疗法。为方便患儿就诊，节省家长时间，复诊预约、电话114预约、网络预约等多种挂号形式，开通新浪微博、充分利用媒体及门诊与病房开展科普宣教，参加大型公益及义诊等活动。
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