灰指甲可口服如盐酸特比萘芬、伊曲康唑进行治疗；也可外用药物，主要有局部涂药和封包等方法进行治疗。严重者可手术拔甲。
甲癣为皮肤癣菌病中最顽固难治的一种。可口服、外用药物，或手术拔甲。手指甲和脚趾甲的生长速度不同，完全替换一个新的指甲，手指甲需要100天，而脚趾甲大约要300天。因此，治疗灰指甲一定要按照医师的遗嘱规则使用。主要治疗方案有以下几点。
一、手术拔甲。适于单发的指甲，局麻下，将患甲拔除。这种方法创面大会出血，易引起感染。手术后一般会感觉较疼痛，容易重新感染复发，临床现已较少使用。心脏病、高血压、糖尿病等患者，不宜手术治疗。
二、内服药物。适于多个指（趾）甲。如每日口服盐酸特比萘芬、伊曲康唑等。但因为这类药必须达到真菌所寄生的甲板处才能发挥抗菌作用，用药量大、时间长，在吃药之前或者吃药期间都需要检查生化全套，排查肝肾功能异常。
三、外用疗法。根据药剂不同，主要有局部涂药和封包等方法。将不规则坏甲磨薄，磨甲治疗以2天一次为佳。使用30%冰醋酸外涂，每日1次，持续3～6个月以上。涂药前若先将病甲削薄，疗效更佳。选用特比萘芬酊、阿莫罗芬甲搽剂等抗真菌外用药局部涂抹，也需要数月治疗。