肛门息肉治疗方法包括氩气电凝治疗、结扎治疗、手术治疗等。但治疗前首先要明确息肉的性质，根据其大小，先取病理，明确病变是管状腺瘤，还是炎性息肉，或者是其性质的息肉，然后再采取相应的处理的措施。
如果发现有直肠息肉，尤其有家族病史者，应当做全结肠的肠镜、电子肠镜的检查。很多情况下发现直肠有息肉，其结肠里头，更上方的肠道内也经常会发现一个或者多个的息肉，甚至有成百上千个的息肉。因此应当除外其他部位的息肉的存在的情况。
另外根据息肉的多少、大小，可以采用不同治疗方法，有的息肉很小，但成片，这时可以用氩气电凝的方法打掉。如果息肉有蒂，可以做结扎。有比较大的息肉应当做完整的切除。当然如果考虑有恶变的情况，需要局部切除的范围要更大，更深。