原发长于尿道结石的罕见，多是由于肾、输尿管、膀胱结石排出后，卡于尿道内，也有少部分尿道结石位于尿道憩室内，男性患者中结石主要坎顿于前列腺部的尿道舟状窝或尿道外口，主要的临床症状是由于尿道结石堵塞尿道，导致的排尿不畅和疼痛，并且容易继发局部的感染、疼痛，尿道结石突然卡在尿道内，常会感到局部剧烈的疼痛和排尿的疼痛。疼痛可以向阴茎头、会阴部，甚至直肠部位的放射，可呈刀割样剧烈疼痛。原发性尿道结石是逐渐长大或为尿道憩室内，早期可能没有明显的疼痛的症状。
二、排尿困难，尿道结石堵塞尿道引起排尿困难，程度轻重不等，轻者尿线变细、分叉、尿无力，同时伴有尿频、尿急及尿滴沥，阻塞尿道严重时出现残余尿或尿储留，不能完全排空膀胱。甚至出现小便难以控制失禁，冲击性尿失禁，有时可以出现急迫性尿失禁。
三、血尿及尿道分泌物，结石会损伤尿道粘膜，尿道口滴血，合并感染时，尿道常有黏液性、脓性分泌物。
四、尿道压痛及硬结，前尿道结石可以触摸到痛性的结节，可以推动结石，尿道憩室内多发结石，可以摸到结石的沙石一样的摩擦感，其他症状，结石长期的局部刺激可引起尿道的炎症，可引起尿道炎症、狭窄、尿道周围脓肿、尿瘘，有些尿道结石，可产生心绞痛及性功能障碍。