胆肠吻合术后并发症引起胆道的逆流，感染性疾病。胆道的良性疾病和恶性疾病，如良性疾病里面有这种胆道扩张症，胆总管囊肿，引起要切除一节胆道，胆道无法端对端的吻合以后，只能做叫胆道和空肠的吻合叫胆肠吻合。另一种是胆道的恶性肿瘤，如说胆管癌，这种情况，要切除联同肿瘤切除胆管，这时候也要做胆肠吻合。
胆肠吻合手术造成危害，胆道直接和肠道皱襞吻合了，已经不符合正常的生理规律，正常的生理规律是胆汁排到肠道里面有经过一个单向阀门，单向阀门这个括约肌一样的东西，这样能够保证胆汁顺利的排入肠道，同时能够避免肠道里面的这个肠液含有细菌的肠液不能够返流。因此主要的一个并发症，就是引起胆道的逆流。
逆流是肠液顺着胆肠吻合口，反流到胆道里面，这样影像学上导致感染，胆道里面积气，引起胆管炎的发作。这时候病人就会全身发冷，打哆嗦，然后体温瞬间升到三十九度以上。所以是一个急症，感染性疾病，远期，可能因为这种胆肠吻合口，有时候因为吻合的原因，或者说因为反复胆道反流的这个原因，引起这种炎性狭窄。就是导致了胆汁排入到肠道里面，这个入口不通畅，就会引起胆道梗阻。所以这都是的可能的并发症。