目前临床上认为巧克力囊肿的形成原因，是具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢位置，从而形成卵巢巧克力囊肿。它属于子宫内膜异位症的一种，病因主要是子宫内膜种植而形成的，所以巧克力囊肿的形成原因是因与饮食没有关系的。在正常情况下子宫内膜就在子宫腔内，随着卵巢分泌激素的影响而发生周期性的脱落，而子宫内膜跑到了卵巢的位置，就会形成卵巢巧克力囊肿，这种情况下如果囊肿较小是不用需要手术的。如果囊肿大于五厘米而且临床的不适的症状比较明显，则需要进行手术治疗。在饮食上应该避免食用辛辣、寒凉、生冷等刺激性的食物，这些食物不利于机体的恢复。

对于巧克力囊肿过大的女性，很容易在剧烈运动或者是同房的刺激下，而引起卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。如果女性出现巧克力囊肿破裂，最主要的症状就是出现突发性的下腹部剧烈疼痛，随着囊肿破裂时间的增加，就会有明显的肛门坠胀现象，同时还会导致，如果破裂时间太久出血太多，那还会导致晕厥表现。对于出现巧克力囊肿破裂的女性，通常就需要急诊行腹腔镜手术，或者是开腹手术将卵巢巧克力囊肿切除。由于巧克力囊肿破裂以后，可能会导致盆腔各处都有异位的子宫内膜，所以术后需要肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来继续治疗，其目的就是为了预防巧克力囊肿的再次复发。而且在手术后一个月还需要复查彩超，看盆腔的恢复情况，同时要禁止同房一个月以上。

所谓的巧克力囊肿，就是由于女性的子宫内膜异位到卵巢上，周期性的增生、萎缩、坏死而导致，不但会引起进行性加重的痛经表现，还可能出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。对于巧克力囊肿的女性，即使进行手术切除治疗，但由于在手术的过程中，并不一定能够将异位的子宫内膜完全清除干净，所以在手术后仍然可能会出现巧克力囊肿复发，而且复发几率还比较高，可能会达到50%以上。所以术后需要继续肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来治疗，通常就可能将巧克力囊肿治愈。而对于有生育要求的女性，还可以考虑在停用曲普瑞林以后，尽早开始怀孕，因为在怀孕以后，巧囊复发的几率会明显减小。

巧克力囊肿术后打促性腺激素释放激素激动剂6到9个月，用于预防囊肿复发。巧克力囊肿术后复发率较高，为预防囊肿复发，建议术后立即开始用促性腺激素释放激素激动剂（包括达菲林、诺雷德等）连续用药6到9个月。用药期间体内激素水平类似切除双侧卵巢后状态，无月经来潮、不排卵，称为假绝经疗法。异位子宫内膜失去雌激素维持，发生萎缩、凋亡、逐渐消失，达到预防复发作用。停药后可很快恢复排卵和月经周期，就可怀孕，不影响卵巢功能。尤其对于有生育要求的患者更为合适。以上方法副作用较大，主要是骨质疏松和更年期综合征，但对预防复发和生育价值很大。副作用可用“反加疗法”缓解，即补充最小量雌激素，如戊酸雌二醇片，使体内雌激素水平不至于导致严重骨矿物质丢失。

巧克力囊肿手术后怀孕是预防复发的最好治疗方法。对于巧克力囊肿，怀孕是预防复发的最好治疗方法，整个孕期，在大量孕激素长期作用下，异位的子宫内膜会萎缩消失，假孕疗法是治疗子宫内膜异位症很重要的一种方法，就是模拟妊娠状态来实现疗效的，所以，巧克力囊肿术后不久就怀孕，是预防复发的最好、最有效方法，对于那些病情比较严重的患者，医生会建议术后立即开始用GnRH-a，每28天1次，连续用药4至6个月。用药期间体内激素水平类似切除双侧卵巢后状态，无月经来潮，不排卵，称为假绝经疗法，异位子宫内膜失去雌激素的维持，发生萎缩、凋亡，逐渐消失，达到预防复发的作用，停药后很快会恢复排卵和月经周期，就可以怀孕，不影响卵巢功能，尤其对于有生育要求的患者，更为合适，这种方法副作用较大，主要是骨质疏松和更年期综合征表现，但对于预防复发和生育价值很大，其副作用可以通过补充最小量的雌激素，使体内的雌激素水平不至于导致严重的骨矿物质丢失来避免。对于无生育要求者，排除避孕药的禁忌情况后，首选短效口服避孕药，优点是简便、有效、经济、安全。需要服用3-6个月以上为好，服药期间停止排卵，也无月经来潮，停药后就能恢复，不影响卵巢功能，如果超过40岁，血栓的风险增加，需要在医生的指导下，经过严格的筛选，谨慎应用。