肛门长了个水泡临床上多考虑为肛门周围的痔疮。痔疮的临床症状主要是由于肛门周围发生的静脉曲张，在肛门周围形成了血栓，以及静脉性的血团，尤其是一些炎症性的外痔，发生水肿以及感染的情况之后会在肛门周围形成红肿状的水泡性的损害。
其次是发生在肛门周围的生殖器疱疹，生殖器疱疹常常是由于单纯疱疹病毒2型感染引起的，发生在外阴以及肛门周围的水泡性皮肤损害，皮肤损害表现为疼痛刺痒，以及腹股沟淋巴结肿大和压痛。单纯疱疹病毒感染导致的单纯疱疹发生在外阴部和肛门周围的，称为生殖器疱疹，单纯疱疹病毒根据其抗原性质不同，分为两型，即单纯疱疹病毒1型和单纯疱疹病毒2型。1型主要引起头面和器官的感染，2型主要引起生殖器部位的皮肤、黏膜的感染，两者之间存在交叉免疫现象。
人是单纯疱疹病毒的唯一宿主，病毒经呼吸、口腔、眼、生殖器、黏膜和破损的皮肤进入人体，单纯疱疹容易复发，因此分为原发型单纯疱疹和复发型单纯疱疹。原发型或复发型生殖器疱疹由单纯疱疹病毒2型感染所致，少数为单纯疱疹病毒1型引起，多通过性交传染，表现为生殖器部位的成群的水泡，肛门部位及其周围出现水泡性的皮疹。
临床上还应该考虑的是水泡型的湿疹，一般局限在肛门口、肛周皮肤的黏膜，表现为局部的红色斑丘疹、丘疱疹，自觉瘙痒。