卵巢巧克力囊肿会引起不孕症的，是因为移位的子宫内膜组织侵入到了卵巢，从而形成卵巢巧克力囊肿，这种移位病灶会破坏女性盆腔的卵巢组织以及盆腔周围的环境，同时还会影响女性输卵管的功能，从而影响输卵管的蠕动，引起不孕症的发生。卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种表示，同时也可以存在子宫腺肌症，它会破坏卵巢功能影响排卵，也会改善盆腔的环境，使盆腔的微循环发生改变，导致受精卵不能成形成，输卵管无法输送受精卵会引起不孕症的发生。而且盆腔内存在大量的异位内膜，会影响女性的免疫功能，刺激机体产生子宫内膜抗体，从而破坏子宫内膜的正常功能，导致不孕症的发生。

所谓的巧克力囊肿，就是由于女性的子宫内膜异位到卵巢上，周期性的增生、萎缩、坏死而导致，不但会引起进行性加重的痛经表现，还可能出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。对于巧克力囊肿的女性，即使进行手术切除治疗，但由于在手术的过程中，并不一定能够将异位的子宫内膜完全清除干净，所以在手术后仍然可能会出现巧克力囊肿复发，而且复发几率还比较高，可能会达到50%以上。所以术后需要继续肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来治疗，通常就可能将巧克力囊肿治愈。而对于有生育要求的女性，还可以考虑在停用曲普瑞林以后，尽早开始怀孕，因为在怀孕以后，巧囊复发的几率会明显减小。

巧克力囊肿治疗方法有手术治疗、药物治疗、放置宫内节育器等，主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。1、对无生育要求，年龄45岁左右、症状重、病灶累及重要脏器或多种治疗无效者，建议行全子宫双附件切除术根治。双侧卵巢切除后，没有激素的支持，异位的病灶会萎缩退化消失。2、对于年轻要求生育的患者和不孕症患者经全面检查排除其不孕因素，首先应该尽早在腹腔镜下明确诊断，分离盆腔粘连，去除肉眼可见的病灶，恢复正常的解剖结构。保留子宫和卵巢。手术可以明确诊断，排除恶性肿瘤，缓解疼痛，改善生活质量，能显着提高轻度内异症的自然妊娠率。然后药物抑制内异症的残余病灶，改善盆腔的免疫环境，抑制雌激素水平。最后，建议中重度患者尽早积极采用辅助生殖技术助孕。不应长期期待或药物治疗。3、对无生育要求较年轻的患者可以选择腹腔镜手术去除病灶，保留卵巢和子宫，宫内放置曼月乐的方法，曼月乐是一种含有孕激素的宫内节育器，即可以避孕，又可以缓解痛经和月经过多的症状，预防内异症复发。如果没有口服避孕药禁忌症的患者也可以长期服用避孕药。

巧克力囊肿的患者可以怀孕，由于巧克力囊肿的异位病灶，对卵巢的破坏比较大，影响到卵巢的排卵，患者受孕比较困难。患者的症状较轻微，有自然受孕的几率要及早的受孕。试孕半年以上不能够正常的受孕，患者要根据彩超、CT以及妇科检查等各种情况，在排除其他原因导致的不能怀孕的情况下，选择进行手术或药物治疗。患者选择手术治疗巧克力囊肿，一般术后要配合药物治疗3个月，治疗之后患者要尽早的怀孕。巧克力囊肿容易复发，而且反复的手术对卵巢的破坏比较大，不利于患者的受孕。如果经过治疗之后不能正常的受孕，建议患者可以选择辅助生殖技术。

巧克力囊肿可能会导致患者出现不孕症、腹痛、腰酸胀坠痛、肛门下坠、性交痛的症状。一般来讲卵巢的巧克力囊肿常常是因卵巢的子宫内膜异位症引起的。卵巢的子宫内膜异位症是子宫内膜异位症的一种类型。子宫内膜异位症将近有40%到50%的患者表现为不孕症，除了不孕以外，当卵巢的囊肿长大到一定程度时会发生破裂，那么就会造成严重的腹痛，在这个时候患者应该紧急到医院就医，进行紧急的处理。除了腹痛以外，当卵巢的囊肿长大到一定程度时，也会造成一些压迫的症状，患者会感觉有腰酸胀坠痛甚至有肛门下坠感，还有一部分患者会伴随有性生活不适，出现性交痛。总而言之，一般来讲卵巢的巧克力囊肿，当它小的时候常常可能会导致是不孕，当它大的时候可能会伴随有腹部的不适有压迫症状，它如果黏连比较重的时候，甚至会可能造成患者的性交痛。