慢阻肺可以引起肺、呼吸、循环、心脏，肾脏、肝脏、神经系统等多个系统问题，甚至患者的骨骼、肌肉、营养状态都会受到的影响。
慢阻肺的危害，要看慢阻肺病理生理的改变。其实是导致肺里的气体含的有害物过多了，也就是肺里的气不新鲜了，这样最直接的导致就是缺氧。一旦出现缺氧，病人就会表现为呼吸困难。
更严重，就会出现呼吸衰竭，是对最直接的危害。因为缺氧还会导致继发的改变，包括肺血管的收缩，导致肺血管里头的阻力增加，阻力一旦增加，心脏负担就会加重，就会出现肺动脉高压、肺心病。所以第一个会导致呼吸缺氧的问题。
导致循环的问题，导致心脏的负担增加，肺动脉高压肺心病。除对心血管系统有影响之外，对其的各个脏器也都会有影响。如长期的低氧，可以导致肝功能的衰竭。长期有肺动脉高压、肺心病，还会导致肝淤血，出现这种改变；长期的低氧还会导致肾脏的改变，导致肾功能的不全；长期的低氧还会导致神经系统的损害，出现意识的改变、神志的改变；有的病人会表现为神志模糊，甚至昏迷等等。所以慢阻肺是全身性的系统性疾病，危害非常严重的。